GAMESS_US

Beschreibung

GAMESS_US (General Atomic and Molecular Electronic Structure System) ist ein Programmpaket zur Lösung quantenchemischer Probleme auf Ab-initio-Niveau. Es berechnet RHF-, UHF-, ROHF-, GVB- und MCSCF-Wellenfunktionen. Die Korrekturen der elektronischen Korrelationsenergie zu diesen Wellenfunktionen können basierend auf Dichtefunktionaltheorie (DFT), Configuration Interaction (CI) Störungstheorie zweiter Ordnung (MP2) sowie Coupled-Cluster (CC) berechnet werden.

Verfügbar auf:

• RRZN-Computeservern
• Hochleistungsrechner Nord (HLRN) 

Ansprechpartner

Dr. Bernhard Bandow

Inhaltsverzeichnis

• Allgemeines
• Funktionalität
• Installation auf den RRZN-Computeservern
• Benutzung von GAMESS_US auf den RRZN-Computeservern Paris, TC und CLUH
• Dokumentation und Beispiele

Das RRZN gewährt Nutzern den Zugang zu GAMESS_US unter Beachtung der in der Lizenzvereinbarung genannten Bedingungen. Der Zugang wird durch die Aufnahme des Nutzers in die UNIX-Gruppe gamess_us gewährleistet.

Gemäß der Lizenzvereinbarung, ist bei Publikationen von Resultaten, die unter der Verwendung von GAMESS_US erzielt wurden, stets die entsprechende Referenz anzugeben:

M.W.Schmidt, K.K.Baldridge, J.A.Boatz, S.T.Elbert, M.S.Gordon, J.H.Jensen, S.Koseki, N.Matsunaga, K.A.Nguyen, S.J.Su, T.L.Windus, M.Dupuis, J.A.Montgomery J. Comput. Chem. 14, 1347-1363 (1993)

Weitere spezifische in GAMES_US implementierte Methoden sind durch das Zitieren von Artikeln, die im Bentzerhandbuch an entsprechnder Stelle genannt sind, zu würdigen.

Der Funktionsumfang der Software ist erheblich. In der Einführung wird eine entsprechende Übersicht gegeben.

Neben der über den Befehl module avail als Vorgabeversion ersichtlich installierten Programmvariante können auch weitere zur Verfügung stehen, die sich  z.B. durch die verlinkten mathematischen Bibliotheken unterscheiden. Derzeit ist die Version 12 January 12, 2009 R1 for 64 bit IA64/x86_64 am RRZN als Vorgabeversion verfügbar.

Umgebungsvariable

Alle zur Ausführung von GAMESS_US notwendigen Einstellungen werden durch das Laden eines Moduls vorgenommen:

module load gamess_us/120109.R1

Danach lassen sich mittels gmshelp die GAMESS_US Schlüsselworte anzeigen.

Batchjobskript

Das folgende Skript startet einen GAMESS_US Job auf einem Knoten mit einem Zeitlimit von einer Stunde. GAMESS_US verwendet Scratchdateien, die nach der Programmausführung gelöscht werden. Andere Scratchdateien enthalten Informationen, die auch nach der Programmausführung wichtig für den Nutzer sind. Der Ort für die temporären Scratchdateien wird ducrh die Umgebungsvariable $SCR festgelegt, die Umgebungsvariable $USCR weist auf den Ort für die Scratchdateien, die nicht gelöscht werden sollen. In beiden Fällen ist ein performantes Dateisystem, durch den in der Umgebungsvariablen $BIGWORK vordefinierten Ort unabdingbar. Eine sinnvolle Wahl für $SCR ist $BIGWORK/gamess_tmpdir, für $USCR ist es $BIGWORK/gamess_scratchdir. Vor dem Start eines neuen GAMESS_US Jobs müssen in $USCR gespeicherte Dateien manuell gelöscht werden.

#!/bin/csh
#PBS -j oe
#PBS -N gamess_job
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -l walltime=01:00:00

#### Modul laden und Umgebungsvariablen setzen ####

  source $MODULESHOME/init/csh
  module load gamess_us/120109.R1

  setenv SCR $BIGWORK/gamess_tmpdir
  setenv USCR $BIGWORK/gamess_scratchdir

  cd $PBS_O_WORKDIR

#### GAMESS_US Job starten ####

  rungms xxx.inp 00 `cat $PBS_NODEFILE|wc -l` > xxx.log

#### Modul entladen ####

 module unload gamess_us/120109.R1

Um auf Paris zu rechnen, wird das Jobskript mit der Option -q big abgesandt. Für Rechnungen auf TC sind die Optionen -q small -W "x=PARTITION:tc" anzugeben. Wahlweise kann auch #PBS -W PARTITION:tc in das Jobskript integriert werden.

Die ausführliche Dokumentation zu GAMESS_US umfaßt eine Einführung, eine Beschreibung der Schlüsselworte, Testbeispiele, weitere Information zur Programmnutzung und Literaturzitate, eine Refererenz sowie hardwarespezifische Angaben.