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Programm/Software/Climate Data Operators installieren
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Verfasst am: 21. 12. 2011 [12:34]
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hhoffmann
Holger Hoffmann
Themenersteller
Dabei seit: 21.12.2011
Beiträge: 26
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Hi,
Wie muss ich vorgehen um Software auf dem Cluster installieren? In den User-Anleitungen/Seiten des RRZN habe ich diesbezüglich nichts gefunden.
Hintergrund: Um Klimadaten im ".ieg" bzw. ".nc" (netcdf)-Format zu verarbeiten benötige ich das Programm "Climate Data Operators" (CDO) mit netcdf support:
https://code.zmaw.de/projects/cdo
(https://code.zmaw.de/files/cdo/html/1.5.2/cdo.pdf)
Gruß,
Holger
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Verfasst am: 21. 12. 2011 [12:44]
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gerdes
Andreas Gerdes
Dabei seit: 14.09.2010
Beiträge: 49
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Hallo Holger,
Du kannst den Tarball von der Homepage einfach nehmen und in Deinem Homeverzeichnis übersetzen. Compiler & Tools stehen als Modules bereit. Es gibt auch ein Module netcdf für die Library. Die wird das Programm wahrscheinlich brauchen:
zzzzgerd@avon:~$ module av net
------- /sw/modulefiles ------------
netcdf/4.0
zzzzgerd@avon:~$
Wenn der Bedarf größer wird für das Programm, können wir es auch zentral als Module bereitstellen. Vielleicht antworten noch anderere User in diesem Thread, dann lässt sich der Bedarf abschätzen...
Wir schauen uns die Software gerne mal an und installieren Sie dann zentral. Vor Weihnachten wird das wahrscheinlich nichts, und nächste Woche sind Wartungsarbeiten am Cluster. Aber wenn Ende nächster Woche alles wieder läuft, dann melde ich mich nochmal.
Viele Grüße und schöne Feiertage
Andreas
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Verfasst am: 21. 12. 2011 [19:49]
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hhoffmann
Holger Hoffmann
Themenersteller
Dabei seit: 21.12.2011
Beiträge: 26
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Hi Andreas,
thx 4 the fast answer.
>./configure --with-netcdf=/sw/modulefiles/netcdf/4.0
>make
seem to work fine, but
>make install
delivered the following permission error:
Making install in libcdi
make[1]: Entering directory `/home/nhpghoff/cdo-1.5.3/libcdi'
Making install in src
make[2]: Entering directory `/home/nhpghoff/cdo-1.5.3/libcdi/src'
make[3]: Entering directory `/home/nhpghoff/cdo-1.5.3/libcdi/src'
/bin/sh ../config/mkinstalldirs "/usr/local/lib/pkgconfig"
mkdir -p -- /usr/local/lib/pkgconfig
mkdir: cannot create directory `/usr/local/lib/pkgconfig': Permission denied
make[3]: *** [install-exec-local] Error 1
make[3]: Leaving directory `/home/nhpghoff/cdo-1.5.3/libcdi/src'
make[2]: *** [install-am] Error 2
make[2]: Leaving directory `/home/nhpghoff/cdo-1.5.3/libcdi/src'
make[1]: *** [install-recursive] Error 1
make[1]: Leaving directory `/home/nhpghoff/cdo-1.5.3/libcdi'
make: *** [install-recursive] Error 1
Any idea?
Kind regards,
Holger
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Verfasst am: 23. 12. 2011 [14:13]
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hhoffmann
Holger Hoffmann
Themenersteller
Dabei seit: 21.12.2011
Beiträge: 26
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Hi,
sorry, I had forgotten to add the prefix:
./configure --with-netcdf=/sw/modulefiles/netcdf/4.0 --prefix=/home/nhpghoff/cdo-1.5.3/
Anyway, it would be nice to have cdo as a module, available to all users.
Kind regards,
Holger
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Letzte Änderung: 12.04.2011
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